Estoy mencionando los marcadores porque se relacionan a Colores y Fuentes.  Pero esto se aplica a todos los elementos que aparecen en el margen del indicador como, puntos de interrupción, etc.

Esta imagen muestra los marcadores como iconos/glifos en el margen del indicador.

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Como prueba, cámbiemelos al color Rojo. Desde Herramientas – Opciones… - Entorno – Fuentes y colores (Tools - Options - Environment - Fonts and Colors), bajo Mostrar los elementos (Display Items), seleccione Marcador (Bookmark).  Ahora cambie el color de fondo a Rojo. Hasta ahora no han ocurrido cambios en el editor.

Para ver los cambios tiene que tiene que remover el Margen del indicador desde Herramientas – Opciones – Editor de texto – General (Tools - Options - Text Editor – General) y anular la selección de Margen del indicador (Indicator Margin).  Ahora podrá ver  lo siguiente:

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El Margen del indicador solamente muestra íconos (o glifos) que no se pueden personalizar. Solamente puede personalizar el color de fondo y es la razón porque no puede ver los cambios cuando el Margen del indicador esta activo. 

Contenido sindicado de  Sara Ford’s Weblog 

Traducción autorizada por Sara Ford.