Windows Azure の管理用 API として、Windows Azure Service Management API が公開されていますが、Windows PowerShell を利用して Windows Azure の管理を行うためのコマンド群、Windows Azure Service Management CmdLets の最新版(SDK1.3 対応)が公開されています。

MSDN Code Gallery : Windows Azure Service Management CmdLets
Windows Azure Team Blog : Just Released - New Version of the Windows Azure Service Management CmdLets

Windows PowerShell を使う準備、Windows Azure アプリケーション管理を行うための設定、操作手順などは、下記コラムに詳しく掲載されておりますので、ご参考まで。

Microsoft Tech Fielders : PowerShell で始める Windows Azure アプリケーション管理