WPF3.0ではViewport3D内の3D空間内の階層の座標変換を追跡したり、Canvasなどの2Dレイアウト上での2D座標との関連性を追跡する（つまり3D空間から2D空間への座標変換やその逆）のはかなり困難でした。GeneralTransform3Dなどを使えばこれが容易になります。WPFのプログラミングでこれを使うことはほとんどないでしょうが、おそらく新機能④⑤⑥で、内部的に利用されているのではないかと思います。
GeneralTransform3Dは3D空間の階層を上下できますが、2Dと3Dの階層を上下するにはGeneralTransform3DTo2DとGeneralTransfor2DTo3Dが使えます。
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