さて、C# Expressをインストールすると必然的に新しいバージョンの.NET Framework (バージョン2.0)がインストールされてしまいますが、既に以前のバージョンの.NET Framework、バージョン1.1や1.0が入っている場合は安全のためにアンインストールなどしたほうがいいのでしょうか?もしくはアンインストールしないでインストールすれば、勝手に上書きされて2.0になるのでしょうか?

素朴な疑問ですが、誰も自分のマシン環境を不安定にしたくないので、インストールは安全に行いたいものですよね。

答えは、.NET Framework2.0は、旧バージョンの.NET Framework1.1や1.0とは違うフォルダにインストールされますし、別製品として取り扱われますので、前のバージョンは特に気にする必要はありません。
なお、前のバージョンの.NET Frameworkは通常消すべきではありません。というのは、前バージョンの.NET Framework用に作られたソフトは、前バージョンの.NET Frameworkに依存して動作するからです。

WindowsがC:\Windowsにインストールされている場合、.NET Framework2.0をインストールすると、それらは
C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50215
にインストールされます。
旧バージョンの.NET Framework1.1は、
C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v1.1.4322
にインストールされていますので、干渉することはありません。

なお、.NET Framework1.1のインストールされているフォルダのサイズは約70MB、.NET Framework2.0は126MBでした。
(ただし1.1の方は、僕は日本語LangPackをインストールしていないので、若干小さくなっているものと思われます。)