Wie wäre es wenn man Windows mal richtig wörtlich nimmt und aus dem Desktop eine echte Glasscheibe machen würde.

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Man nimmt einfach einen Screenshot vom aktuellen Desktop, zeigt diesen Bildschirm füllend an und bei jedem Mausklick wird Loch in die Fenster scheibe eingefügt. Ein Beispiel wie dies in Silverlight funktioniert ist hier zu finden.