C'est une erreur qui risque d'être assez courante. Vous ouvrez un projet  web créé avec Visual Studio 2005 avec Visual Studio 2008. Ce dernier vous propose de migrer le projet, d'éventuellement le passer en .Net 3.5 et de faire une copie de sauvegarde. Mais que vous le laissiez en .Net 2.0 ou le passiez en .Net 3.5, à la compilation, vous vous prenez systématiquement l'erreur "It is an error to use a section registered as allowDefinition='MachineToApplication' beyond application level This error can be caused by a virtual directory not being configured as an application in IIS.". Alors que cela fonctionnait très bien avec la version précédente de Visual Studio :(

 Ici, le problème vient en fait de la copie de sauvegarde : dans le répertoire créé par l'assistant pour la sauvegarde, il y a une copie du fichier web.config qui conserve son extension. Lors de la compilation, VS2008 détecte la présence d'un fichier de configuration dans un sous-répertoire, tente de le prendre en compte, et tombe sur des directives qui ne sont pas autorisées dans un sous-répertoire. Soyez radical : déplacez ce répertoire de sauvegarde dans un autre répertoire, mais ne le laissez pas comme sous-répertoire de votre projet Web. Cela devrait beaucoup mieux se passer à la compilation :)