MSDNライブラリにまとまっています。

Differences Between Silverlight and Silverlight for Windows Phone

ざっと見るならこちらのほうがいいかな？

Features Supported in Silverlight for Windows Phone

Silverlight for Windows Phone でサポートしていないのはざっくりと以下の点。（カテゴライズは私が勝手にやってしまっていますので、間違っているところもあるかも）要は、ブラウザでのサポートがない、通信方法等は制約がある、高機能言語系はまだサポートされていない、という感じですね。

新機能系

ブラウザ系

  • ブラウザ内での実行
  • Silverlight プラグインオブジェクト参照
  • HTML DOM ブリッジ
  • JavaScript プログラミング

言語・ランタイム系

  • ダイナミックランゲージ（DLR)
  • ラムダ式（Expression Tree）
  • リフレクション (System.Reflection.Emit)

通信系

  • ソケット通信
  • Silverlight SDK内の以下の機能
  • Windows Presentation Foundation (WPF) コントロール
  • WCF データサービス (以前はADO.NET)
  • HTTP での全二重通信
  • JSON シリアライズ
  • RSS / ATOM フィードフォーマット

普通に作っている分には、普通に Silverlight 3ですが、Phone 独特のお作法などについては注意が必要です。